Синдзи Икари живет в мире, в котором человечество все время подвергается нападению Ангелов – таинственных созданий, первое из которых было найдено людьми в Антарктиде. Сражаться с Ангелами способны только биороботы Евангелионы. Взрослые управлять биороботами не могут, это доступно только подросткам. Однажды Синдзи встречается после долгой разлуки с отцом и узнает, что должен стать пилотом Евангелиона.